İlaç araştırmaları, moleküllerin etkileşimlerini tahmin edebilmek için hızlı ve verimli simülasyonlara ihtiyaç duyar. Bu durum, ilaç keşif sürecini hızlandırmaktadır. NVIDIA’da kıdemli mühendis olan Jiqun Tu ve Schrödinger’ın Desmond motorunun teknoloji lideri Ellery Russell, moleküler dinamik simülasyonlarını hızlandırmak amacıyla tasarlanan gelişmiş GPU optimizasyon tekniklerini incelemektedirler.
Yenilikçi GPU Optimizasyon Teknikleri
Bu NVIDIA GTC 2024 oturumunda, ilaç araştırmacılarına hesaplama süreçlerini iyileştirmek ve daha yüksek throughput değerine ulaşmaları için pratik stratejiler sunulmaktadır. Mevcut CUDA iş akışlarını temel alarak, mevcut ölçeklendirme zorluklarını ve darboğazları aşmak için CUDA Graphs, C++ korutinleri ve mapped memory gibi yenilikler üzerinde durulmaktadır.
Verimliliği Artıran Yöntemler
Oturuş devam ederken, katılımcılara performansı optimize etme, gecikmeleri en aza indirme ve moleküler simülasyonlar için GPU yeteneklerini tam anlamıyla kullanma konusunda eyleme geçirilebilir teknikler sunulmaktadır. Sunumda ele alınacak konular arasında şunlar yer almaktadır:
- CUDA Graphs: Kernel başlatmalarını bağımlılık ağaçları halinde gruplamanın, aşırı yüklemeyi azaltma ve daha verimli yürütme sağlama konusundaki etkisi.
- GPU throughput optimizasyonu: Aynı GPU üzerinde birden fazla bağımsız simülasyon planlayarak, seri darboğazları maskelemeye odaklanma.
- Mapped memory: Veri transferi gecikmelerini ortadan kaldırmak için ev sahibi ve cihaz arasındaki doğrudan bellek erişimi kullanımı.
- C++ korutinleri: Hesaplamaları üst üste bindirerek ve birden fazla simülasyon arasında kontrolü devretme stratejileri, karmaşık kod yapılandırması gerektirmeden GPU kullanımını artırma imkanı sunar.
- FEP+ ve Desmond motoru performansı: Schrödinger’ın moleküler dinamik motorunda bu araçların nasıl kullanıldığı ile ilgili vaka çalışmaları, ana iş yüklerinde %102 hız artışı sağlanmasını göstermektedir.
Daha Fazla Bilgi ve Kaynaklar
Bu oturumu İlaç Keşfini Hızlandırma: Dinamik GPU İş Akışlarını CUDA Graphs, Mapped Memory, C++ Coroutines ile Optimize Etme başlığı altında izleyebilir, NVIDIA On-Demand’da daha fazla video keşfedebilir ve NVIDIA Geliştirici Programına katılarak sektör uzmanlarından değerli beceriler ve bilgiler edinebilirsiniz.
Bu içerik, kısmen yapay zeka ve büyük dil modellerinin yardımıyla hazırlanmış olup, doğruluk, kesinlik ve kalite sağlamak için NVIDIA Teknik Blog ekibi tarafından dikkatle gözden geçirilmiştir.
