Proteinlerin Rolü ve Yeni Yaklaşımlar
Proteinler, hücrelerimizin işleyişini sağlayan önemli yapı taşlarıdır. Her biri özel bir işlev üstlenen binlerce protein türü bulunur. Araştırmacılar, proteinlerin yapısının onların görevlerini belirlediğini uzun zamandır biliyorlar. Ancak son zamanlarda, bir proteinin nerede bulunduğunun da işlevi için kritik olduğu anlaşılmıştır. Hücreler, birçok bileşeni düzenlemeye yardımcı olan çeşitli bölmelere sahiptir. Bu bölmeler, biyoloji ders kitaplarında yer alan organellerin yanı sıra, belirli moleküllerin bir araya gelip paylaşılmış işlevler gerçekleştirdiği dinamik, zarsız kompartmentlar da içerir. Bir proteinin nerede bulunduğunu ve kiminle birlikte yer aldığını bilmek, o protein ve sağlıklı ya da hastalıklı hücredeki rolü hakkında daha iyi bir anlayış kazanmak için faydalı olabilir. Ancak bu bilgiyi sistematik bir şekilde tahmin etmenin bir yolunu bulmak, araştırmacılar için zorlu bir görev olmuştur.
Yeni Model: ProtGPS
Son yıllarda protein yapıları üzerine yapılan çalışmaların bir doruk noktasına ulaşmasıyla, MIT Profesörü Richard Young ve ekibi, proteinlerin konumlandırılmasını tahmin etmek için bir model geliştirdiler. Bu modelin adı ProtGPS. Young, Whitehead Biyolojik Araştırmalar Enstitüsü üyesidir. Ekip, ProtGPS’in proteinlerin 12 farklı bilinen bölmeye ne şekilde lokalize olacağını ve hastalıkla ilişkili mutasyonların bu lokalizasyonu nasıl değiştireceğini tahmin edebildiğini göstermiştir. Bu araştırma, Science dergisinde 6 Şubat’ta yayımlanmıştır.
Hastalıklarla İlişki ve Yeni Tedavi Yöntemleri
Araştırmacılar, ProGPS’in tahminlerini hücrelerde deneysel testlerle doğrulamışlardır. Young, “Umudum, bu modelin proteinleri araştıranların çalışmalarını geliştiren bir platform olabileceğidir. Aynı zamanda insanın karmaşık organizmalar haline nasıl dönüştüğünü, mutasyonların bu doğal süreçleri nasıl bozduğunu ve hücredeki işlevlerin düzeltilmesine yönelik terapötik hipotezler geliştirmeye yardımcı olmasını umuyorum” demiştir. Hastalıkla ilişkili mutasyonların proteinlerin konumunu değiştirmesi olasılığı üzerinde yoğunlaşarak, araştırmacılar 200.000’den fazla hastalık mutasyonu içeren proteini ProtGPS’e besleyerek, bu proteinin nerede lokalize olacağını tahmin etmeye çalışmışlardır.
Başarılı bir şekilde geliştirilen ProtGPS, proteinlerin hastalıklarla olan ilişkisini aydınlatmak ve yeni tedavi yöntemleri bulmak adına önemli bir adım olarak görülüyor. Ekip, **bu modelin** daha fazla bölme türünü içerecek şekilde genişletilmesini ve daha fazla terapötik hipotez testi yapılmasını planlıyor.
